한국 그리스도 사상 연구소는 역사적이며 구체적 인물인 예수 그리스도에 의해 설립된 보편적 진리를 심층적으로 연구하고, 동시에 한국 전통 종교와 사상에서 복음적 함의를 찾아 고유하면서도 보편적인 한국 그리스도 사상을 정립하기 위하여 1991년 12월 27일 사단 법인으로 설립되었다. 초대 이사장으로는 정의채(鄭義采, 바오로) 신부가 선임되었고 소장은 심상태(沈相泰, 세례자 요한) 신부가 임명되었으나, 연구소 건물이 마련되지 않은 탓에 사무실을 임대하여 연구 활동을 시작하였다. 그리고 1992년 5월 문화체육부로부터 정식 법인 허가를 받았으며, 같은 달에 제1차 학술 회의를 개최하며 공식적인 활동을 시작하였다. 이후 이 학술 회의는 한국 그리스도 사상 연구소의 대표적인 행사로 1년에 두 차례씩 개최되고 있으며, 한국 그리스도 신앙뿐만이 아니라 다른 종교와 종파와의 관련성에 대해서도 연구하여 그 결과를 발표하고 있다. 또한 1993년에는 학술 회의에서 발표된 글들을 모은 연구지 《한국 그리스도 사상》을 창간하여 연 1회 발간하기 시작하였고, 회보 《뿌리 내림》을 창간하여 계간지로 발행하고 있다.
1994년 3월 2대 이사장으로 배문한(裴文漢, 도미니코) 신부가 취임하였고, 10월에는 3대 이사장 한상호(韓相浩, 마르코) 신부가 취임하였다. 그리고 1995년에는 현 위치에 연구소 건물을 짓기 시작하여 이듬해 11월에 완공하고 축복식을 거행하였다. 1999년 3월에는 4대 이사장으로 이용훈(李容勳, 마티아) 신부가 취임하였으며, 2001년 3월에는 지역 교회의 토착화를 장려한 제2차 바티칸 공의회의 가르침에 따라 성직자 · 수도자 · 평신도들을 대상으로 2학기제로 운영되는 토착화 신학당을 개설하였다. 또한 5월에는 제1차 정기 포럼을 개최하였는데, 이후 1년에 두 차례씩 정기 포럼을 개최하여 한국 사회에서의 신앙 토착화에 관하여 연구 · 발표하고 있다. 이어 2002년 5월에는 청소년 사목을 분석하고 그 대안과 방향을 제시하고자 '청소년 사목 토착화 연구회'를 발족하였다. 그리고 2003년 7월에는 본부의 지리적 위치 문제로 서울시 성북구 동선동에 연구소의 서울 센터를 개소하여, 수원 연구소와의 연계 활동을 토대로 토착화 신학당 강의 등의 업무를 담당하고 있다. 2004년 3월에는 1년에 두 차례 운영되는 '다은 월례 신앙 강좌'를 개설하였고, 6월에는 5대 이사장으로 김건태(金建泰, 루가) 신부가 취임하였으며, 2005년 5월에는 양업교회사연구소와 공동으로 한국 순교자 시복 시성을 위한 세미나를 개최하였다. 이 외에도 1994년에는 《사목 회의 의안 해설집》을 발간하였고, 1998년부터는 《제삼 천년기와 한국 교회의 새 복음화》, 《새 천년을 맞는 신앙》 등 '한국 그리스도 사상 연구 2000' 시리즈를 발간하고 있다.
※ 참고문헌 한국 그리스도 사상 연구소 자료. [편찬실]