1801년의 신유박해가 일어나자 부친과 의논하여 정약종(丁若鍾, 아우구스티노)의 책 상자를 받아 집안에 숨겨 두었는데, 임대인(任大仁, 토마스)이 이 상자를 서울로 옮기다가 체포되면서 그들 부자의 이름이 알려져 3월 27일 체포되었다. 부친은 먼저 서울로 압송되고, 그는 포천 관아로 끌려가 문초와 형벌을 받은 뒤 경기 감영을 거쳐 포도청으로 압송되었다. 포도청과 형조에서 다시 문초와 형벌을 받다가 형조에서 사형 판결을 받고 고향 포천으로 이송되어 참수형으로 순교하였으니, 그때가 1802년 1월 30일(음력 1801년 12월 27일)이었고 당시 홍인의 나이는 44세였다. (→ 신유박해 ; 홍교만)
※ 참고문헌 St. A. Daveluy, vol. 5, Notices des Principaux martyrs de Corée(1858년 필사 정리), M.E.P. 소장/ St. A. Daveluy, vol. 4, Notes pour l'Histoire des Martyrs de Corée(1860년 필사 정리), M.E.P. 소장/ 《사학징의》/ 샤를르 달레, 안응렬 · 최석우 역주, 《한국 천주교회사》 상, 한국교회사연구소, 1979/ 한국천주교주교회의 시복시성특별위원회, 《하느님의 종 윤지충 바오로와 동료 순교자 123위》, 2003. 〔車基眞〕